Les autorités protestantes avaient cependant fait procéder dès les 8 et 9 mai à un inventaire “des munitions, reliques et biens meubles trouvés tant en l’église Saint-Just que au cloître et maisons d’icelui” par un “bourgeois et citoyen de Lyon” acquis à leur cause, “honorable homme Antoine Pupier”. Cet Antoine Pupier était un proche parent  de l’obéancier d’alors, François Pupier, et de l’obéancier précédent, dont il portait le nom. Passant d’ailleurs en revue les provisions et meubles des douze maisons canoniales (dont la plupart des occupants avaient fui), il déclare qu’il se fait fort de démontrer que ceux trouvés dans la maison de l’obéancier lui appartiennent, et i en obtient la garde: peut-être est-ce grâce à ce lien de parenté que, comme nous le verrons par la suite, la maison de l’obéancier fut moins endommagée que ses voisines?

Non seulement les pillages ne cessèrent pas pour autant, mais dès le 23 mai on passa à la vitesse supérieure et ce sont les démolitions qui commencèrent. Il ne s’agissait plus là uniquement de cupidité, de fanatisme religieux ou du désir de se venger d’un chapitre qui avait refusé l’établissement d’un prêche, il y avait également un réel souci stratégique de la part des autorités protestantes. En effet, l’idée de remplacer l’église et le cloître de Saint-Just par une citadelle qui commanderait le cours du Rhône et la plaine du Dauphiné était dans l’air depuis plusieurs années déjà. La menace était telle que, quand en 1555 les Pères Minimes sollicitèrent des chanoines l’autorisation de poursuivre les constructions entreprises sur les terres de la baronnie, le chapitre les autorisa à le faire à la condition que l’église et le couvent deviendraient propriété des chanoines (moyennant dédommagements) au cas où “il adviendrait par ci-après que l’on démolît l’église et le cloître à causes des fortifications”.

Il s’agissait alors de se défendre d’un ennemi extérieur, mais en 1562 il s’agit surtout d’empêcher la reconquête de la ville par les forces catholiques: “le roi Charles IX n’ayant point voulu reconnaitre pour légitime la conquête de Lyon par les protestants, la ville se trouvait en état de rébellion ouverte. Aussi devait-elle assurer sa défense” (A. Steyert, op.cit., p.78). Pour cela on double la Retraite d’une ligne de boulevards et on envisage la construction de cette fameuse forteresse prévue de longue date et qui ne s’était jamais faite. Elle ne se fera pas non plus en 1562 faute de temps et d’argent, mais entre-temps on avait démoli les murailles du cloître, enrôlant de force pour ce faire les habitants du faubourg et des villages voisins.Les maisons proches de la clôture et bien d’autres – dans la clôture ou en dehors – firent les frais de ces destructions systématiques. Simultanément, le dépouillement de l’église continuait: on procéda au déménagement puis à la vente, du mobilier, des bois, des ferrures, des marbres; la “bachasses” disparurent; vers la Saint-Jean (24 juin) on descendit les cloches: la plus grosse – celle qui avait été donnée par Innocent IV – fut transférée à Saint-Nizier pour servir de tocsin. Aussi bien ne reste-t-il plus de l’ancienne église Saint-Just que deux chapiteaux de marbre utilisés dans les année 1850 pour l’ornementation de la chapelle de la Vierge à Ainay (D. Meynis, op. cit., page 158); s’il faut en croire J.F. Artaud (op.cit., page 39), les marbres précieux (de cette église) ont servi à décorer celle du Grand Collège”.

Le prince de Condé lui-même s’alarma des violences contre les personnes et les biens commises par les troupes du baron: en juillet il envoya à Lyon Jean de Parthenay-L’archevêque, seigneur de Soubise, pour le remplacer dans le gouvernement militaire de la ville; des Adrets reparti dans le Dauphiné. Mais à Saint-Just les destructions prévues continuèrent: “Environ la Saint-Michel (29 septembre) fut l’église Saint-Just découverte, les ferrures, bois et plusieurs pierres et autres marrins enlevés transportés et vendus par Biterna et Duerne (qui l’on disait avaiente charge de démolir l’église Saint-Just), et plusieurs personnes, entre-autres choses, vendaient du bois du clocher et autres couverts de la-dite église… Et après icelle église fut sapée par le feu et mise toute en ruine, comme avaient été les maisons des chanoines et autres gens d’Église, et les bois, et les portes et fenêtres aussi dissipés; auquel même temps ou bien peu après furent les maisons des pauvres habitants, depuis la porte des Farges jusques à la porte de Trion , pour la plupart ruinées…” (P.V. de 1563).

Racontons brièvement la suite des évènements: en décembre 1562, le gouverneur en titre de la ville, le maréchal de Saint-André, décède; il est remplacé par Jacques de Savoie, duc de Nemours. Celui-ci, fort d’une armée de huit mille hommes, essaya de reprendre la ville à partir de Saint-Genis-Laval, dont il fit son quartier général; il y “séjourna bien trois mois sans en bouger”, dit l’historien Claude de Rubys, non sans faire d’ailleurs chaque jour, des sorties jusqu’aux portes de Lyon pour en ramener prisonniers et butin. Mais il y eu aussi des batailles rangées (et même une défaite infligées aux troupes de Nemours le 5 mars 1563). Finalement le duc de Nemours négocia habilement avec le baron des Adrets, rappelé par Soubise: cette trahison ne pouvait qu’entrainer la capitulation de Lyon au moment même où était publié l’édit de Pacification (oui paix d’Amboise) du 19 mars 1563. Le 9 juin, le Consulat adhéra à cet édit; le 15 du même mois arrivait à Lyon le maréchal de Vieilleville commis par le roi pour veiller à son exécution.

Le 18 juillet il fait célébrer à Saint-Jean la première messe depuis quatorze mois (puisque le culte catholique était interdit et l’assistance aux prêches obligatoire); les chanoines-comtes regagnent leur cloître (percé de la rue de la Brèche).

Le 29 août, c’est dans toutes les églises de la ville – où les catholiques fugitifs étaient rentrés – que le culte reprend. Les réformés conservent trois temples: aux Cordeliers, à Confort et à la Chana. À la Saint-Thomas de la même année (21 décembre), date où se faisaient les élections des échevins, le maréchal de Vieilleville fit en sorte que le nombre fut de six catholiques et six des protestants” (Ruby, op.cit., p.401). Les foires, qui avaient été supprimées, furent rétablies. Un an plus tard, le 13 juin 1564, le roi Charles IX et la reine-mère Catherine de Médicis vinrent visiter la ville pacifiée: leur entrée “se ressentit de la pauvreté et misère du temps (la peste faisait à nouveau rage) et ne fur ni somptueuse en habits, ni ingénieuse en apparat de théâtres et perspectives. Les enfants de la ville y marchèrent mêlés deux à deux, d’un catholique et d’un protestant…”, dit Claude de Ruby (ibid., p. 402), qui y assista. Le mois suivant, les principaux acteurs de ces années troublées quittèrent la ville: le sieur de Soubise, le comte de Sault, puis le maréchal de Vieilleville. Quant au fameux baron, il l’avait quittée dès mars 1563 pour se retirer dans son château de la Frette, près de la Côte-Saint-André, abandonnant du même coup le parti protestant. Il sortit de sa retraite en 1567 pour combattre ses anciens coreligionnaires; après de nouvelles péripéties qui faillirent lui couter la vie, il se retira à nouveau à la Frette, où il mourut discrètement en 1587.