Une institution propre à Saint-Just exista, probablement jusqu’au début du XX^e siècle : la « Confrérie des Trente-trois ». Cette association pieuse se glorifiait de posséder une bulle papale qui relatait et confirmait sa très ancienne institution. Mais, durant les troubles révolutionnaires, lorsque toute espèce de communauté fut supprimée, cette précieuse bulle, se trouvant entre les mains d’un des membres de ladite société, fut livrée aux flammes et son dépositaire guillotiné. Il est donc difficile, à cause de  cette destruction, de fixer l’époque exacte de la fondation de la Confrérie des Trente-trois qui, néanmoins, paraissait avoir plusieurs siècles d’existence.

Au début du XIX^e siècle, quelques pieuses personnes, ayant conservé la mémoire de l’existence de cette confrérie, résolurent de la faire revivre. Sachant qu’elle avait jadis été confirmée par les papes, qui lui accordèrent de nombreuses indulgences, elles adressèrent une supplique au pape de l’époque pour obtenir son rétablissement.Le 10 avril 1805, une délégation se présenta donc au pape Pie VII, de passage à Lyon, pour le supplier d’accorder l’autorisation de relever la confrérie. Le 16 avril, le pape accorda par une bulle (toujours conservée dans les archives de la collégiale) le rétablissement de cette association avec plusieurs indulgences plénières, association qui fut aussi approuvée le 18 juillet de la même année par le cardinal Fesch, archevêque de Lyon.

Cette confrérie était appelée des « Trente-trois » parce qu’elle était composée de trente-trois membres, en l’honneur des trente-trois années que Jésus-Christ passa sur la terre. Ses membres étaient plus particulièrement, sans exclusive, choisis parmi les paroissiens de Saint-Just. Le curé de la paroisse en était le président de droit. Le but de cette confrérie était : « Renouveler la piété dans les âmes, augmenter le zèle pour le service de Dieu, inviter les paroissiens à la fréquentation des sacrements, à l’assistance aux offices de la paroisse et à la pratique de toutes les vertus chrétiennes.» Les principales fêtes de la confrérie étaient Noël, l’Assomption et la Fête de Saint-Just. Une assemblée générale avait lieu chaque année pendant l’octave de cette dernière fête. On y réglait les comptes du trésorier et les dépenses de l’année suivante ; on y remplaçait les confrères décédés ou démissionnaires.

Tous les ans, les confrères devaient remettre 72 francs au curé de Saint-Just pour l’entretien des enfants de chœur. Quand une personne de la société décédait, tous les membres de la confrérie devaient assister à ses obsèques. La confrérie se chargeait aussi de l’entretien et de l’ornementation de l’autel de saint Just, d’offrir le pain bénit le jour de la solennité de ce saint et de récolter la somme de 36 francs pour la décoration de l’église le jour de la Fête-Dieu et pareille somme pour celle de saint Just. Elle aidait le curé de Saint-Just dans l’entretien et l’ornementation de l’église et participait activement à la vie liturgique et au maintien du culte du saint évêque de Lyon.