Bien qu’assez récente (XVI^e-XVII^e siècles) par rapport à la primatiale Saint-Jean, aux églises Saint-Martin d’Ainay, Saint-Paul, Saint-Nizier ou Saint-Bonaventure, elle est cependant l’héritière d’une longue tradition urbaine et religieuse à la fois.

Elle fut construite, à l’initiative des chanoines de Saint-Just, à partir de 1565 pour remplacer une église antérieure détruite en 1562 pendant les guerres de religion par les troupes protestantes du baron des Adrets (mais la ville de Lyon elle-même avait envisagé de la détruire pour la remplacer par une citadelle qui aurait été le pendant au sud du château de Pierre-Scize au nord). Après la destruction de 1562, les chanoines avaient trouvé refuge dans le couvent des Minimes à la Croix de Colle, l’actuelle place des Minimes, comme cela leur était permis par un accord de 1555, puisque l’emplacement se trouvait précisément dans les terres dépendant du chapitre de Saint-Just.

Cette situation ne pouvant être que provisoire et que source de difficultés, les chanoines achetèrent en 1564 une hôtellerie à l’enseigne de Jésus située rue des Farges à l’intérieur des remparts de la ville et louèrent pour se loger des appartements dans les maisons voisines.

L’église nouvelle accueillit les premiers offices pour la Noël 1565. Les bourgs ou faubourgs de Saint-Just et Saint-Irénée furent rattachés à la ville en 1585. L’église précédente s’élevait rue des Macchabées, à quelque 300 mètres d’ici. Ce sont d’ailleurs les matériaux provenant des ruines de l’ancienne église qui ont servi à construire la nouvelle. Sur cet emplacement a été aménagé, dans les années 1970, un jardin archéologique où l’on peut repérer les trois édifices qui s’y sont succédé de la fin du IV^e siècle jusqu’aux destructions de 1562. Le premier, datant du V^e siècle, aurait été d’abord dédié aux frères Macchabées avant de prendre le nom de l’évêque saint Just dont il abritait les restes.

Une deuxième église fut aménagée au VI^e siècle. Au IX^e siècle, fut institué un chapitre de chanoines, auquel fut rattaché à la fin du siècle celui de Saint-Irénée. Puis il y eut séparation des deux chapitres au XII^e siècle. Un cloître fortifié fut alors construit. Le troisième édifice fut consacré en 1251 par le pape Innocent IV qui séjournait dans le cloître de Saint-Just depuis 1245 à l’occasion du concile de Lyon. En 1269-1270, le cloître fut assiégé par l’armée des bourgeois lyonnais révoltés contre les chanoines-comtes de Saint-Jean qui y avaient trouvé refuge. Le pape Clément V y fut couronné en 1305. Le cloître accueillit des rois à plusieurs reprises du XIII^e au XVI^e siècle.

La famille de Tournon, dont les aînés ajoutaient le prénom de Just à celui de leur baptême, car, selon la tradition, saint Just aurait appartenu à cette famille, contribua largement à la fondation de l’église et aida à la rebâtir après 1562. Le seigneur de Tournon en posa la première pierre et les aînés de cette famille avaient le titre de chanoine-baron de Saint-Just. Comme celles qui l’avaient précédée, la présente église Saint-Just fut jusqu’à la Révolution à la fois paroissiale et collégiale, c’est-à-dire desservie par un chapitre, ou collège, de chanoines, les chanoines-barons de Saint-Just, dont les armoiries figuraient sur la façade de l’église, et qui étaient assistés par des prêtres perpétuels.

Faute d’argent, la construction de l’église s’étala sur plusieurs siècles et se fit par portions successives :

• fin du XVI^e siècle : sur les plans de Du Chaffault, ingénieur du roi, construction de la nef, des deux collatéraux et d’un chœur provisoire (première consécration par M^gr d’Epinac le 8 avril 1591, jour anniversaire de la consécration de l’ancienne basilique par Innocent IV) ;
• 1662-1663 : construction du chœur (deuxième consécration le 28 décembre 1663, jour des Saints Innocents, par M^gr de Neuville) et allongement des collatéraux ;
• 1666 : construction du jubé ;
• 1700-1703 : voûtement de la nef et élargissement du collatéral sud ;
• 1704-1711 : construction de la façade par Jean et Ferdinand Delamonce ;
• 1746 : achèvement de la décoration intérieure.

L’église Saint-Just était l’une des stations du grand chemin de croix qui, le Vendredi Saint, menait les fidèles depuis l’église Sainte-Croix près de la primatiale jusqu’au calvaire érigé à l’église Saint-Irénée.

Au début des années 1790, le chapitre fut dissous et ses biens confisqués. L’année 1793 fut particulièrement préjudiciable pour l’église du fait notamment des destructions du mois de novembre. Plusieurs chanoines et prêtres furent guillotinés. L’église fut cependant ré-ouverte au culte en novembre 1795 et, de manière officielle, en 1803 à la suite du Concordat. Mais elle n’était plus que paroissiale.

De nouveaux travaux furent réalisés au XIX^e siècle :

• 1807 : démolition du jubé ;
• 1828 : rétablissement des sculptures sur la façade ;
• 1831 : construction de l’arc triomphal du chœur et de l’actuel maître-autel (consacré en 1831 par M^gr de Pins) ;
• 1839 : décoration du revers de la façade.

Le clocher, qui datait de la fin du XVI^e siècle, fut frappé par la foudre et sa partie supérieure fut démolie en 1912. L’image ci-dessus laisse entrevoir sur la gauche du bâtiment, les restes du clocher en partie endommagé par l’incendie de 1912 et qui fut démoli par la suite. (source: ici) Les paroisses Saint-Irénée et Saint-Just sont réunies depuis 1970. L’église Saint-Just est classée depuis 1980 au titre des Monuments historiques.

Après avoir accueilli, de 1996 à 2014, la paroisse orthodoxe de la Sainte-Rencontre, l’église Saint-Just est, depuis 2014, mise par l’archevêché de Lyon à la disposition de la Fraternité sacerdotale saint-Pierre et la liturgie y est célébrée selon la forme extraordinaire en vertu du Motu proprio Summorum Pontificum.