Un pèlerin l’ayant reconnu, les Lyonnais, désireux de retrouver leur évêque, envoyèrent une délégation menée par Antioche, un prêtre de Lyon, pour le retrouver et le ramener dans son diocèse. Antioche ne put convaincre le saint ermite ni de revenir ni de l’accepter auprès de lui. Il revint donc en Gaule et fut nommé plus tard évêque de Lyon.

Les Lyonnais allèrent chercher leurs corps et les ensevelirent dans un mausolée de la grande nécropole de Saint-Irénée – Saint-Just, à l’emplacement de l’actuel jardin archéologique, rue des Macchabées. Une basilique s’éleva bientôt à côté de ce mausolée (V^e s.). D’après le Martyrologe du Viennois Adon (IX^e s.), elle était à l’origine dédiée aux frères Macchabées, martyrs juifs du II^e siècle avant J.C., dont le culte était très répandu dans l’Eglise ancienne. Les corps de Just et de Viateur y furent transférés à une date inconnue, d’où le nom de Saint-Just que prit la basilique : elle le portait déjà au VIII^e siècle.

Plusieurs sanctuaires se succédèrent sur les lieux : la basilique du V^e siècle fut reconstruite au VI^e siècle, restaurée au IX^e sous l’évêque Rémi (qui y fut enterré), et entièrement reconstruite aux XII^e-XIII^e siècles pour en faire la plus grande église de Lyon après la cathédrale. Depuis le IX^e siècle elle était desservie par un chapitre (ou collège) d’une vingtaine de chanoines.

Autour de leur église les chanoines-barons de Saint-Just élevèrent un cloître fortifié qui abrita pontifes et têtes couronnées : le pape Innocent IV y séjourna sept ans, de 1244 à 1251 (il présida le premier concile de Lyon en 1245), le pape Clément V y fut couronné en 1305 ; les rois de France Saint Louis (Louis IX), Philippe le Bel, Charles VIII y résidèrent aussi, de même que la régente Louise de Savoie, mère de François 1^er.

La nuit du 30 avril au l^er mai 1562, les réformés se rendirent maîtres de la ville de Lyon : le surlendemain les troupes du baron des Adrets entrèrent dans Saint-Just et commencèrent la destruction du cloître et de tout ce qu’il contenait. L’église fut sapée en septembre de la même année. Il faut dire qu’indépendamment des raisons purement religieuses de cette destruction, la ville de Lyon elle-même l’avait envisagée pour construire en ce lieu une citadelle destinée à renforcer sa protection. Mais cela ne s’était pas fait, et cela ne se fit pas non plus à ce moment-là.

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